В феврале 1989 г. главным редактором журнала «Теория и практика физической культуры» назначается кандидат педагогических наук, доктор биологических наук, профессор В.К. Бальсевич. Выпускник Омского государственного педагогического института (факультет иностранных языков) и Омского ГИФКа, прошедший школу научного становления в Ленинградском НИИ физической культуры, В. К. Бальсевич был хорошо известен в сфере спортивной науки своими работами в области возрастной кинезиологии человека. Кроме того, он был большим другом А.В. Седова, проработавшего в этой должности более двадцати лет. О проблемах журнала В.К. Бальсевич знал не понаслышке. Более десяти лет успешно руководя КНГ сборной команды СССР по легкой атлетике, он не раз решал труднейшие задачи, но те, что встали перед ним в его новой качестве, были намного сложнее.

В июле 1989 г. председатель Государственного комитета СССР по физической культуре и спорту М.В. Грамов за «плохое знание предмета» руководства не был переутверждён в должности I Съездом народных депутатов СССР. На этот пост был избран Н.И. Русак, до этого бывший первым заместителем М.В. Грамова. Этот легендарный для отечественного физкультурно-спортивного движения человек фактически стал не только последним «министром спорта» СССР, но и последним функционером такого уровня, который бы воспринимал отечественную спортивную науку как целостное системное образование.

26 декабря 1991 г. СССР прекратил свое существование. Отечественный спорт, в том числе и спортивная наука, образно говоря, попали под молох смены политических режимов. Последствия этого процесса усугубил начавшийся переход к рыночной экономике в режиме «шоковой терапии».

Государственное руководство новой России, возглавляемое Б.Н. Ельцыным, в сфере социальной политики характеризовалось изощрённым фарисейством. Наиболее ярко это проявилось в области физической культуры и спорта. С одной стороны, подписывались указы, принимались законы, давались громкие обещания. Но, с другой стороны, финансово они никак не подкреплялись. Кроме того, началась чехарда руководителей отечественного физкультурно-спортивного движения. С 1991 по 1999 г. они менялись шесть раз (В.Н. Мачуга, В.С. Сысоев, Ю.М.  Портнов, Ш.А.  Тарпищев, Л.В. Тягачёв, Б.В. Иванюженков). Каждый из них в отдельности был хорошим специалистом в той или иной отрасли физической культуры и спорта, но всё их совокупное мелькание больше напоминало театр абсурда, нежели продуманную политику государства. В это время отечественному физкультурно-спортивному движению был нанесен серьезный удар.

Спортивная наука и до этого финансировавшаяся по остаточному принципу, фактически перешла в режим выживания. До минимума сократилось субсидирование научно-исследовательских институтов. Их штатный состав существенно уменьшается. После игр XXIV Олимпиады 1992 г. в Барселоне при всех сборных командах распускаются комплексные научные группы. Общее количество ежегодно проводимых в РФ научных конференций по проблемам физической культуры и спорта в начале 90-х гг. не превышало и десяти. Информационное обеспечение всей отрасли фактически прекратилось.

В 1992 г. сложилась критическая ситуация: перестают издаваться журналы «Научно-спортивный вестник», «Спортивные игры» и «Спорт за рубежом». Все ведущие периодические физкультурно-спортивные издания для того, чтобы выжить, печатают сдвоенные и даже строенные номера.

Журнал «Теория и практика физической культуры» находился на грани исчезновения. Но редакция журнала, возглавляемая В.К. Бальсевичем, приняла брошенный жизнью вызов. Все понимали, что журнал «Теория и практика физической культуры», ставший к тому времени национальным культурным достоянием, необходимо сохранить. Это было сделано во многом благодаря помощи ректора ГЦОЛИФКа Валерия Владимировича Кузина (1963–2006 гг.). Он предоставил редакции помещение, выделил средства на организацию производственной деятельности. В типографии института был напечатан единственный вышедший в 1992 г. номер журнала.

Основных путей для выживания журнала было два. Первый заключался в увеличении количества подписчиков. Но убедить подписаться на журнал еле-еле сводящих концы с концами частных лиц и даже государственные организации было очень сложно. Тем не менее определенные шаги в этом направлении делались. Проявлялись они в том, что расширился спектр наиболее заметных элементов журнала – его рубрик. Их количество выросло почти в три раза. Наиболее значимые рубрики, определяющие содержание всего номера, начали выносить на обложку журнала. Большинство рубрик не прижились. Но время выделило одну, которая определяет лицо журнала начиная с 1995 г.: «Тренер» – журнал в журнале. Во многом благодаря ей журнал получил большое количество подписчиков не только в научной, но и в практической сфере спорта.

Второй путь – привлечение инвесторов. На базе редакции журнала было создано государственное предприятие. Организаторский талант помог В.К. Бальсевичу найти коммерческие структуры, которые бы инвестировали в его развитие финансовые средства. Это позволило не только обеспечить производственный цикл журнала «Теория и практика физической культуры», но и начать в 1996 г. выпуск нового периодического издания – «Физическая культура: воспитание, образование, тренировка».